ชื่อบ้านนามเมือง “พระโขนง” นั้นน่าจะเรียกกันมาตั้งสมัยอยุธยาตอนปลายเป็นอย่างน้อย ทั้งนี้เพราะมีปรากฏในโคลงบทที่ 67 ในนิราศชุมพรของพระพิพิธสาลีซึ่งแต่งขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 1 ความว่า
เรือมาพิโยคน้ำ ชเลลง
เรียมลุบางพระขนง เนตรน้อง
สมบูรณ์บุษป์บัวบง กชมาศ กูเอย
ขนงแม่ฤๅมาคล้อง เคลือบไว้เป็นนาม

การที่ในโคลงบทดังกล่าวเรียกพื้นที่นี้ว่า “บางพระขนง” คงจะหมายถึงปากคลองพระโขนง” ทั้งนี้เพราะคำว่า”บาง” เป็นศัพท์ในภาษามอญที่หมายถึง พื้นที่ปากคลอง อีกทั้งพระพิพิธสาลีท่านล่องเรือไปปากอ่าวเพื่อเตรียมลงไปชุมพร ท่านคงจะเอ่ยถึงพื้นที่ตอนในของคลองพระโขนงเป็นแน่

อนึ่งคลองพระโขนงเส้นนี้เป็นคลองเก่าขุดเมื่อไหร่ไม่ปรากฏหลักฐาน หากแต่ในสมัยรัชกาลที่ 3 มีการขุดซ่อมคลองพระโขนง ซึ่งจากในเพลงยาวสรรเสริญพระบารมีของนายมีมหาดเล็กระบุว่าเพราะคลองพระโขนงช่วงบางพลีเดินเรือไม่สะดวก
แต่ในโคลงบทที่ 31 ของนิราศพระยาตรังคภูมิบาลซึ่งแต่งขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 2 และในนิราศปราจีนบุรี ที่แต่ขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 3 – 4 เรียกพื้นที่นี้ว่า “บางขนง”

ตำแหน่งพระโขนงที่ปรากฏในนิราศทั้ง 3 เรื่องนั้นเป็นตำแหน่งที่น่าจะหมายถึงปากคลองพระโขนง ริมแม่น้ำเจ้าพระยาเท่านั้น หากแต่พื้นที่ของพระโขนงยังมีส่วนที่ลึกเข้าไปตอนในแผ่นดินอีกมาก และถ้านับจากการเขตการปกครองก่อนที่จะมีการแบ่งเขตในสมัยหลัง บริเวณอำเภอพระโขนงในอดีตกินพื้นที่ เขตคลองเตย เขตวัฒนา เขตพระโขนง เขตบางนา และเขตสวนหลวง และเขตประเวศ เพราะฉะนั้นในอดีตพื้นที่เป็นพระโขนงจึงค่อนข้างใหญ่มาก

ที่มาการอำเภอพระโขนงเดิมอยู่ที่วัดมหาบุศย์
จากหลักฐานในแผนที่บริเวณกรุงเทพ ฯ พ.ศ. 2454 ได้ระบุตำแหน่งบริเวณวัดมหาบุศย์ซึ่งอยู่ในเขตสวนหลวงปัจจุบันลงไว้ว่าพื้นที่สวนซึ่งมีพื้นที่ใหญ่พอสมควร และในที่ไม่ไกลจากวัดมหาบุศย์มากนักคือพื้นที่ที่เป็นสามแยกคลองตันที่ไหลลงสบกับคลองพระโขนง เคยเป็นที่ว่าการอำเภอพระโขนงในอดีต

เพราะฉะนั้นจากหลักฐานแผ่นที่ฉบับดังกล่าวก็พอที่จะชี้ได้ว่า บริเวณที่ใกล้กับวัดมหาบุศย์ในช่วงปลายรัชกาลที่ 5 ต่อต้นรัชกาลที่ 6 เป็นที่ตั้งของที่ว่าการอำเภอพระโขนง ดังนั้นจะเรียกว่าตำแหน่งวัดมหาบุศย์ในครั้งนั้นว่าพระโขนงก็ไม่ใช่เรื่องผิดแต่ประการใด แต่ถ้าเรื่องนางนาคมาเกิดในปี พ.ศ. 2556 ก็คงจะกลายเป็นเรื่อง แม่นาคสวนหลวง

นอกจากนี้มันก็พอที่จะชี้ได้อีกเรื่องหนึ่งว่า พื้นที่บริเวณคลองตันมาสบกับคลองพระโขนงน่าที่จะเป็นชุมชนหนาแน่น ดังนั้นเรื่องราวการที่ผีนางนาคจะมาหลอกผู้คนให้กลัวไปทั้งพระโขนงจึงไม่ใช่เรื่องแปลกประการ ถ้าพื้นที่ย่านนี้ผู้คนเบาบางเรื่องราวผีนางนาคคงจะโด่งดังมาจนถึงทุกวันนี้ ที่สำคัญเมื่อชาวบ้านพระโขนงถูกผีนางนาคหลอกทำไมต้อไปหนีไปอยู่ที่วัดมหาบุศย์ ทั้งนี้เพราะ วัดมหาบุศย์เป็นวัดแห่งเดียวในพื้นที่ย่านนั้นในช่วงปลายรัชกาลที่ 5 จนถึงรัชกาลที่ 6

แม่นาคพระโขนงไม่ใช่คนกรุงเทพ
ถ้านับตามเขตการปกครองในปัจจุบัน บริเวณวัดมหาบุศย์อยู่ในเขตสวนหลวง กรุงเทพมหานคร หรือในอดีตคือบริเวณที่ตั้งที่ว่าการอำเภอพระโขนง

หากแต่ในช่วงก่อนเปลี่ยนแปลงการปกครอง พ.ศ. 2475 พื้นที่พระโขนงนั้นขึ้นกับเมืองพระประแดง จนต่อมาเมื่อมีการยุบจังหวัดพระประแดงจึงได้โอนพื้นที่อำเภอพระโขนงมาขึ้นกับกรุงเทพมหานคร ดังนั้นถ้าสมมติว่าแม่นาคและพ่อมากเกิดที่พระโขนงในสมัยนั้น บุคคลทั้ง 2 จึงไม่ใช่คนพื้นกรุงเทพ ฯ แต่เป็นคนพระประแดง

ผู้เขียนยังไม่พบหลักฐานที่เกี่ยวข้องกับช่วงระยะการย้ายที่ว่าการอำเภอพระโขนงจากบริเวณคลองตัน
หากแต่ครั้งหนึ่งช่วงพ.ศ. 2500 โดยประมาณ ที่ว่าการอำเภอพระโขนงได้ย้ายมาตั้งอยู่บริเวณทางรถไปสายปากน้ำเก่าแถวตำบลคลองเตย และต่อมาจึงได้ย้ายไปที่ทำการอำเภอพระโขนงไปยังสถานที่ปัจจุบัน

ต่อมาในปี พ.ศ. 2532 ได้มีการแบ่งเขตคลองเตยออกจากเขตพระโขนง ผลจึงทำให้ที่ว่าการอำเภอเก่าอยู่ในเขตคลองเตย ดังนั้นจึงมีแขวงพระโขนงในเขตคลองเตย และต่อมาในปี พ.ศ. 2540 ได้มีการแบ่งเขตวัฒนาออกจากเขตคลองเตยอีกด้วย'